Η άδεια ίδρυσης φαρμακείου χορηγείται, από τη Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας της Περιφερειακής Ενότητας της έδρας του φαρμακείου, με απόφαση του Αρμόδιου Περιφερειάρχη και κοινοποιείται στον οικείο Φαρμακευτικό Σύλλογο.

Για τη χορήγηση της άδειας λειτουργίας φαρμακείου, πρέπει να υποβληθούν είτε ηλεκτρονικά είτε ιδιοχείρως, από τον αιτούντα στην Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας της Περιφερειακής Ενότητας της έδρας του φαρμακείου μαζί με τη σχετική αίτηση για επιθεώρηση του καταστήματος, όπου θα λειτουργήσει το φαρμακείο, τα εξής δικαιολογητικά:

• Βεβαίωση Ιδιώτη Μηχανικού σύμφωνα με την παρ. Ια του άρθρου 3 του ν. 4178/2013 (Α” 174) στην οποία να διαφαίνεται ο μοναδικός αριθμός ακινήτου που καταγράφεται στο πληροφοριακό σύστημα της ταυτότητας του κτιρίου. Γίνονται δεκτές βεβαιώσεις που πιστοποιούν ότι δεν υπάρχουν αυθαίρετες κατασκευές. Για τους χώρους που έχουν τακτοποιηθεί για δεδομένη χρήση καταστήματος, για ορισμένο χρονικό διάστημα, σύμφωνα με τους όρους και τις προϋποθέσεις της κείμενης νομοθεσίας περί αυθαιρέτων χρήσεων, η ισχύς της αντίστοιχης χρήσης ως καταστήματος έχει διάρκεια την οριζόμενη από την εν λόγω νομοθεσία.
• Βεβαίωση Ιδιώτη Μηχανικού σύμφωνα με το άρθρο 25 του ν. 4178/2013 (Α” 174), στην οποία θα αποτυπώνονται τα καθαρά εμβαδά (τετραγωνικά μέτρα) των χώρων κύριας χρήσης και των λοιπών βοηθητικών χώρων (π.χ. τουαλέτας, αποθήκης, εργαστηρίου κ.λπ.) συνοδευόμενη από τα ακόλουθα: α) Θεωρημένο Αντίγραφο της Άδειας Οικοδομής του Κτιρίου, β) κάτοψη του Καταστήματος, το οποίο προορίζεται για φαρμακείο, υπογεγραμμένη από Ιδιώτη Μηχανικό, στην οποία θα αποτυπώνονται τα καθαρά εμβαδά (τετραγωνικά μέτρα) των χώρων κύριας χρήσης και των λοιπών βοηθητικών χώρων, και γ) τομή του καταστήματος, υπογεγραμμένη από Ιδιώτη Μηχανικό, όπου θα αποτυπώνεται το καθαρό ύψος του.
• Αντίγραφο συμφωνητικού μισθώσεως από τον αιτούντα φαρμακοποιό του καταστήματος, όπου θα λειτουργήσει το φαρμακείο, ή πρόσφατο πιστοποιητικό ιδιοκτησίας από το αρμόδιο υποθηκοφυλακείο για τους ιδιοκτήτες φαρμακοποιούς.
• Βεβαίωση της αρμόδιας Πυροσβεστικής Υπηρεσίας ότι το κατάστημα διαθέτει σύστημα πυρασφάλειας ή επαρκή πυροσβεστικά μέσα.

Για την αδεια λειτουργιας του φαρμακείου, οσο αφορα τους χωρους και το εμβαδον του που πρέπει να διαθέτει, ισχυουν τα εξης:

α. Εργαστήριο ελάχιστου καθαρού εμβαδού 10 τ.μ.

β. Αποθήκη ελάχιστου καθαρού εμβαδού 5 τ.μ.

γ. Τουαλέτα με προθάλαμο ελάχιστου συνολικού εμβαδού 2,5 τ.μ.

δ. Φαρμακοπωλείο. Η περίπτωση α’ της παρ. 3 του άρθρου 4 του Ν. 1963/1991 που όριζε το ελάχιστο εμβαδόν του φαρμακοπωλείου σε 30 τ.μ. αντικαταστάθηκε και πλεον δεν υφίσταται κανενας περιορισμός στην επιφάνεια του φαρμακοπωλείου, πλην της υποχρέωσης να λειτουργεί στο ισόγειο του καταστήματος και να είναι χώρος κύριας χρήσεως.

Πριν την μίσθωση ή και αγορά ακινήτου για την εγκατάσταση και νόμιμη άδεια λειτουργίας του φαρμακείου θα πρέπει να γίνεται έλεγχος από αρμόδιο μηχανικό για το εάν πληρούνται οι απαιτούμενες προδιαγραφές όσο αφορά τους απαραίτητους χώρους, το ελάχιστο εμβαδόν τους, την νομιμότητα τους και την χρήση τους σε σχέση με την οικοδομική άδεια ή άδεια δόμησης και τυχών λοιπών νομιμοποιητικών στοιχείων (τακτοποίηση, νομιμοποίηση κτλ). Σε αντίθετη περίπτωση, υπάρχει ο κίνδυνος το ακίνητο να θεωρηθεί ακατάλληλο για την χρήση φαρμακείου ή να απαιτούνται ενέργειες που θα αυξήσουν το κόστος και τον χρόνο της άδειας λειτουργιάς.